O SiSU utiliza as notas do exame para selecionar candidatos para vagas em universidades públicas, enquanto o ProUni oferece bolsas de estudo integrais ou parciais em instituições privadas para estudantes de baixa renda.

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Em termos de competitividade, no SiSU há mais concorrência, já que existe um número limitado de vagas em universidades públicas. Em 2025, foram ofertadas 261.779 vagas pelo MEC (Ministério da Educação).

Já o ProUni, embora também seja concorrido, oferece mais oportunidades em instituições privadas -- este ano foram 338.444. E por se tratar de bolsas de estudo, exige comprovação de renda familiar -- enquanto o SiSU não possui essa exigência.

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